用国内护照去香港机场的疑问（订的是香港至上

本人经常出国，对护照号码熟记，深圳至上海折扣没有香港至上海折扣好，于是下定了香港至上海航班，用护照订票，该票不能改签不能退
由于本人第一次用护照入香港，之前都是港澳通行证；问题来了
Q1：用护照预订香港至上海机票，是否可以从深圳可以用护照加机票预订信息入关？
Q2：从深圳至香港机场如何走最便宜
深圳湾入关；B3或B3X或B3M；屯门，上天桥下天桥，屯门中心总站E33或A33；（11港币+13.9港币）；貌似最便宜，但是我是1点多的航班，上午7点30出门（住白石洲）；是否赶的上航班？时间是否充分？
罗湖过关；全线地铁，费用在60港币左右；时间大概多少；
Q3：蛇口码头坐船至香港机场，如何退税，如何买到低价票，因为船票要260RMB，加上退税120港币（现在汇率100元RMB），坐船费用在140；这个貌似最快！

由于经常出国，护照号码记得很清楚，深圳至上海折扣不如香港至上海，所以直接用护照购买的香港至上海的机票（这个票不能退不能改签）；
现在才想到；看到香港海关严查用护照入关的情况，我机票是在途牛购买的，是否需要打印出来机票订票信息呢？顾虑香港海关会不会拒绝我入关呢？
我是第一次用护照入关，之前都是用港澳通行证出入关的；
我有港澳通行证（在期间内），如果我用港澳通行证入关，用护照出关，会更麻烦；

有不有直接用护照入关再买回国机票的情况呢