往返均在台湾转机问题

虽然台湾转机问题游四海旅游有很多，但是细节太多太复杂了，所以再次求救大家。
情况是这样的，楼主买到了JAL的台北桃园经日本往返美国的特价票，楼主打算到深圳出关从香港经台湾去美国，然后美国回来到日本下机入境日本，再从日本回国。于是乎头痛的问题来了。
问题一：深圳出关该用什么证件比较好？用大通证以及入台证吗？
问题二：HKG-TPE买哪个航空公司的机票比较好呢？能用护照及后程机票办理登机牌吗？
问题三：如果楼主打算从日本回国的话，那前面不用护照过边检回国过边检会怎么样？
问题四：楼主的JAL的美国是两个票号，两个票号的PNR是同一个，前一个票号为台湾-日本-洛杉矶-圣何塞-洛杉矶，后一个票号是洛杉矶-日本-台湾，楼主打算前一个票号在洛杉矶终止行程，会不会影响后一个票号的使用！