关于上海-香港-巴厘岛转机问题

在携程上订好了去巴厘岛的自由行。为了省钱选择了到香港转机。
完了才发现，上海-香港是东方航空的飞机，而香港-巴厘岛是香港航空的飞机。中间只有2个半小时的转机时间。
从来没经历过转机，想问问大家：是否可以在上海把香港-巴厘岛的登机牌都换了？是不是在到达香港后还要出关然后再进过安检入关？
谢谢各位回复。