求助！关于神户交通问题！

原计划中没有神户，晚上的航班到关西机场，并在机场酒店住宿一晚，第2天从关西机场坐HARUKA到京都4天，第6天从京都坐近铁奈良线去奈良1天，奈良不住宿当天晚上仍坐近铁奈良线去大阪，之后4天都在大阪，最后关西机场回来。
现在想增加神户，要去的地方不多，神户港塔、面包超人、有马温泉，再吃顿牛肉就可以了，想去掉1天京都放在神户。
想请教下神户这天该怎么安排？放在哪天？
我现在的问题有以下这些：
1. 有马温泉该怎么去？以及和其他几个地方的先后安排？
2. 进出神户的交通问题。我现在考虑第2天就从关西机场坐高速船到神户，晚上该怎么去京都？还是仍坐高速船回到关西机场坐HARUKA？（当然这要看神户安排在哪天去了）
求各位大神指点！非常感谢！