对日本有几个问题做攻略做的焦头烂额

上面那位大大已经说的很清楚了，补充下关于行李的问题，像你们这么大的箱子，适合的位置只有最后一排后面的小空间，必须早些上车比较有机会。如果最后一排乘客也有行李，偶尔会遭白眼，因为有些日本人会认为那里是他的领地，会把你放置的行李拖出来。或者只能放在过道上，最好跟周围的人打个招呼，说句对不起什么的。
不过一般日本民众对于妨碍公共区域的行为会比较反感，特别是对于中国人也会有些歧视，在日本，旅游业者对中国人都会很热情，但是一般无关的路人，特别是新干线上多半是上班族，所以可能会受到一些白眼之类，总之出门在外不要太计较。

应该买JR Pass，可以乘NEX从NRT到东京，但是由于有效期只有7天所以覆盖不了你往返机场。JR Pass可以解决你城市间移动的问题，但是市内交通在东京还有山手线很有用，在关西能用到的地方很有限。京都一般会用到公交一日券，大阪和神户是否需要票券需要你自己计算，其实市内都刷pasmo也差不了多少钱。另外到得早的话不如考虑直接去京都。

COTAKU说的很对。
购买JR PASS 7日券，覆盖你从东京出发去关西到回到东京那天。
东京往返机场并不一定需要NARITA EXPRESS，其实利木津巴士也非常好用的，而且便宜一些。
京都-大阪-神户之间的交通方式非常多样，可以根据你的具体行程再来选择。因为JR PASS肯定覆盖这部分，所以建议以JR线路为主就好。