非联程航班，需出关提取行李，领事馆却不予受

本人是中国内地身份，现在巴黎居住，持有2016年到期的申根居留。计划3月在雅典游玩后，乘坐土航雅典-伊斯坦布尔航班抵达伊斯坦布尔阿塔图尔克机场，同机场非联程转机阿联酋航空伊斯坦布尔-迪拜-香港班机回国，其中伊斯坦布尔转机时间约为3小时。由于将有托运行李在伊斯坦布尔提取转运，需要出入土耳其边检，于是向土耳其驻巴黎总领事馆申请过境签证。但签证负责人却告诉我，我不需要办理签证，可凭两程机票订单直接向边检附近的签证柜台申请出入境许可。
事后查阅土耳其机场和土耳其外交部相关网站，发现中国内地公民并不属于可在机场签证柜台办理过境签的范围之内。
第一次遇到这样的情况：按规定申请签证还被拒绝受理。而且让我更迷糊的是，如果我能在签证柜台获得通关许可，不是签证那又会是什么？如果能获得过境签证，那么土耳其相关网站的信息是错误的？现在有些担心，如不在巴黎办好签证，可能会在伊斯坦布尔遇到麻烦。
不知在这有没有类似经历的驴友。真诚向大家请教！