经蛇口港到香港机场乘机的问题

同一日，香港飞（印尼）日惹，中转雅加达，具体行程为：


香港→雅加达（中华航空）（1:05~4:45）
雅加达→日惹（印尼航空）（8:05~9:20）
已查过，两航空公司均在“参与蛇口码头运作”的名单中。

问题1：
本人想经深圳蛇口码头到香港，请问过关流程是怎样？
可否直接在蛇口码头办理登机及行李托运。（因中间涉及中转，不知第二程飞行是否可以直接在蛇口码头的时候也一同办上登机及行李托运？还是得去到雅加达再另行办理手续？）

问题2：
落地签问题，在雅加达落地签方便还是在日惹落地签方便？日惹机场的落地签会不会动作很慢？
注意，到达雅加达时间为凌晨4点多，到达日惹时间为上午9点多，