香港工作，持有港澳通行证以及中国护照，想去

大家好！我叫Jimmy，在香港工作的中国人。手持中国护照以及往来港澳通行证（毕业生留港工作签注）。希望去马尔代夫旅游。
但是，护照上有如下问题：2011年初，我在内地参加旅行团到韩国旅游，回程时候经过香港再到深圳。入香港境时用的是通行证（因为我在香港工作，可以多次往返）。导游提醒我，在离开香港到深圳时一定要用护照，否则我就变成逗留在韩国了。可是一周后我出香港入深圳时忘记了，还是使用了通行证。这样，我的护照就从此却了一个内地入境的盖章。
接下来我想和太太出去马尔代夫旅行（从香港搭飞机）。听说马尔代夫是落地签证，有来回机票和酒店预订就没有问题，

但是，目前不知道（1）香港海关是否放行让我上飞机；（2）到了马尔代夫是否会发签证给我。

我打过给马尔代夫香港大使馆，大使的助手说一般没问题，但是还是要看出入境人员怎么处理。

请各位高手指教啊！在此先谢过了！