在第三国办理台湾入台证可否在大陆转机？

八月份要参加一个台湾的团体活动，台湾方面帮我办了一个“大 陸 人 士 入 台 許 可 證” 这个证明实在德国的台湾办事处办的。但是没有给我任何实体的纸张。只是给了我一个号码。好像入境的时候用这个号码就可以了。因为实在太复杂。我已经完全糊涂了。请问有没有xdjm办理过类似的东西？拿着这个号码能否在大陆转机呢？因为直飞台湾实在是太贵了。