奈良回京都然后到东京

可以，奈良玩大半天就可以啦
京都到东京，有火车、大巴、飞机几种交通方式。
（1）火车：最多人选择。新干线单程800元人民币+（约14140日元），快捷舒适最为方便，仅需2.5小时，班次也多基本上每半小时一班。如果需要往返的话，就果断购买JR PASS券，直接值回票价~时刻表可见http://www.juzigo.com/traffic/123521-123519.html
（2）大巴：有夜巴可以乘坐，最便宜，而且省下一晚住宿，需要8个多小时。缺点就是比较辛苦。
（3）飞机：一般票价在300-600元之间，但还需要考虑前往机场的花费和时间。最方便的还是新干线呢

JR线就可以往返京都和奈良。奈良是个小城市，一天够了，早点出发，晚点回就行。
京都到东京的话，建议新干线。

JR奈良线或近铁京都线到京都站，然后换东海道新干线

http://jorudan.co.jp/或http://www.hyperdia.com/自己一段一段计算是自由行的基本功之一呀！不想动脑子的话就直接买票。

能，JR奈良线到京都，转东海道新干线到东京。
奈良出发的最晚时间是20.03分的列车

应该来得及，你用乘换案内查一下具体班次

http://jorudan.co.jp/或http://www.hyperdia.com/

可以实现，到东京比较晚。

http://www.jorudan.co.jp/

可以