从澳门去香港出境的疑问

我是中国大陆乘客，身在广东珠海，需要经过澳门外港码头乘坐直达香港机场的航船，经由香港机场飞往印尼巴厘岛（免签）。我看到澳门出入境局的规定，持护照过境澳门仅限于使用澳门机场离境，其余情况都需要使用港澳通行证和有效签注，并没有提及可以使用码头航船离境。
那如果我使用了港澳通行证进入澳门-离开澳门前往香港机场，则我的离境记录都体现在港澳通行证上，在我的护照上没有体现离境记录，这样的形式是否能被印尼方入境边检认可？
谢谢。