飞东京—箱根—东京—大阪—京都—奈良—大阪

日本的电车已经把我彻底看蒙了，求各位大大教我怎么做，7月29飞东京，30，31在东京，1号去箱根，2号回东京飞大阪，3号去京都，4号去奈良，都是早上去晚上回，6号回国，请问该怎么乘坐地铁之类，哪些地方该买当地的周游券。
以及以上行程安排如有不妥请告知。