有从香港飞马来西亚的机票，可以直接从南京飞

依照你的想法，你用机票和护照入境香港，你的护照上就有入境记录了。再用护照出来，你的护照上有出境记录。你从深圳可以用通行证和签注进香港，但是你离境飞马来西亚，必须出示机票和护照，这个时候你的护照上已有一个出入境记录，应该这个时候再次出境会有问题吧？否则不是有漏洞吗？等高手释疑！
感觉应该用前面游四海旅游er建议，先用通行证入境出境，再以机票和护照入境，飞马来西亚。

楼主不是有通行证和签注的，用通行证和签注中南京出关到香港，进关还用通行证和签注。完了带物品回深圳，还是通行证。物品处理好了转身用护照和机票去香港转机去马来西亚。

香港过境建议看看http://www.usihai.com/question/848509.html
香港转机建议看看http://www.hongkongairport.com/gb/passenger/transfer-transit/all/transit_procedures.html

先用香港签注出入香港再用机票护照进入香港，