吉隆坡往返亚庇海关盖章问题，

我从吉隆坡往返亚庇，落地亚庇的时候竟然又过了一次海关并且在护照上盖了章，但是几天后离开的时候工作人员竟然把章盖在了登机牌上而不是护照上，这样没问题吗？