日本京都和奈良的JR车站可以寄存行李吗？

都可以寄存。
稻荷站都可以寄存24寸的箱子，推测京都和奈良也能。
稻荷站的寄存价格是400日元，如果我没记错的话。

各种大小的箱子都有寄存柜， 有很多，放心吧。

一般24寸要存大箱子了，价格就是5,600吧不贵

京都jr容纳24寸大箱子上边可以再放个满满的双肩背包的储物柜一次收费700

可以，寄存柜

http://www.jr-odekake.net/eki/img/premises/0610116.pdf
http://www.jr-odekake.net/eki/img/premises/0620816.pdf