马来西亚过境签办理次数及相关问题

求问各位大仙，本人已订2016.7.10-2016.7.27北京经吉隆坡往返科伦坡的联程机票，因心血来潮计划把吉隆坡到北京的回程机票作废，并重新订一张科伦坡中转吉隆坡到深圳的机票，今日打了亚航客服告知需要办理马来西亚签证云云或者从新订票（总之就是没说出所以然），所以现在有几个问题麻烦问下大家，望解答！谢谢！感恩！
1.去程的北京到吉隆坡的时间是早9点多，起飞科伦坡的时间是晚9点，中间有将近12小时中转，计划去唐人街小溜一圈，故要办理一次过境签。
但回程如果重新订一张吉隆坡到深圳的机票，是否需要在科伦坡飞到吉隆坡后办理过境签再重新从吉隆坡出境到深圳，如果这样的话，过境签可以办理2次吗？
2.因为重新订票的话实在没有干脆作废吉隆坡-北京的机票再买一张吉隆坡到深圳的票价值，如果这样的话，科伦坡出境的话我会有两张机票（吉隆坡-北京和吉隆坡-深圳），这样他们会给办理值机吗？背包游，没有行李托运问题

说的实在是很乱，哈哈哈，请知道的大仙帮助解答一下，感恩！