曼谷飞台北，中途转机上海，需要办理台湾通行

如果你从曼谷飞台北，当天（不过夜）转机飞首尔，这是可以的，不需要入台证。记住两个要件，一是不能有托运行李，取行李就得出关了。二是当天转飞首尔，不能过夜。
但你的问题是 曼谷先飞上海，再飞台北，转机首尔，这么走的话，因为没有入台证，中国武警边检肯定不会放行。国台办最近已发布公告，2016年2月起，大陆居民在南昌、昆明、重庆这3座城市可持护照及联程机票和赴第三地的登机牌经台湾桃园机场进行不出机场的中转。如果你非要这么路线走的话，就得从上海到南昌、昆明、重庆这3座城市中的任何一座，你再飞往台北、转飞首尔，只有这么折腾一下。