用护照预订台湾机票的问题

由于购票前没办大通证入台证，看了攻略说是可以用护照订票，等大通证下来再改证件号于是在携程定了南航广州到台湾的机票，退票政策是收50%费用。可是问题来了：致电携程、南航均表示无法改证件号，因为南航政策非常严格，不允许改证件号，当时建议我退票重买。后来携程帮我在编程改了大通证的号码，但是说南航系统会显示我的证件号码曾改动过，能否登机要看机场值机是否从严。请问有人试过在今年内像我这样在南航订票后来改证件号会被拦下来不让办登机牌吗？因为现在南航、携程均无法确定，说最稳妥还是退票重买。求大神指点，谢谢。