先去箱根呆两天，关西（京都、宇治、奈良大阪

楼主应该先普及基本的概念


日本地图：http://map.yahoo.co.jp/maps?
交通换乘和资费查询：http://www.jorudan.co.jp/
小气少年日本交通和景点攻略：http://nicklee.tw/ （侧重关西）
林氏璧东京交通攻略：http://linshibi.com/
在第二个网站查出每段车资，后面两个网站查出各地有哪些pass，一对比就知道哪个划算了。

先拉出来行程再说吧，反正基本上就是都会区内利用单一城市的券移动，都会区之间东京到箱根可以搭电车，从箱根到关西考虑搭bus，具体的也没有太多的扩展性，还是要按照逐日的行程来看

http://jorudan.co.jp/或http://www.hyperdia.com/自己一段一段计算是自由行的基本功之一呀！不想动脑子的话直接买票。

箱根周游券


其他的从你的描述无法判断