关于五一假期间使用JR Pass的问题

我是5.1——5.7从东京进出的机票，其中想去京都玩，看了下好像订JR Pass比较划算。
但是！我在官网上看到了这样一段话：
如果您在繁忙期使用特定的列车，有时会预约不到您希望的座位。下述时期预约座位将会非常困难，4月27日~5月6日，舒适的季节、大型连休，日本国内挤满着旅客。
……
所以我想问一下，如果我买了JR Pass，“预约座位困难”的情况是不是指可能没法换到从东京到京都新干线的指定席？还是说我换自由席也会换不到？
马上要出发了，想请有经验的各位帮忙解答一下，谢谢！