JR pass和特色列车指定席预定的问题？

六月去日本九州，一直在做行程攻略。现在碰到点关于JRPass和列车指定席的问题。据我现在所了解jrpass无非国内万能宝购买或直接到日本指定车站窗口购买再凭护照等领取兑换券，然后再由工作人员出自己日程安排里要坐的列车和车位。
九州JR的网站见列车席位预约，但一直是觉得到日本才能约。但刚见有网友直接国内注册jr网站会员，进行绑定信用信用卡出费用预约指定席！这我就不懂了，是不是特色列车的指定席都要额外加钱的？大部分穷友到日本领兑换券再划票是不是意外因为没有额外加费用才不一定做得到喜欢的列车和指定席？