早上11点40在成田机场的飞机，到底是成田留宿还

如题，我看到有2个解决办法。
我们是东京进出，行程满满8天，东京3天（或－1 然后箱根＋1），京都3天，大阪2天，大阪留在最后购物。
check in的时间应该是9点40之前，所以9点这样到可能比较好。
想了几个办法，大家能根据经验推荐下哪个比较好吗？
1.就是前天晚上从大阪出发到成田住下。这样的话是不是必须经过东京？
我们打算买jr pass 这样合算点。
2.大早上从大阪赶到机场，好像通过查询网站没那么早的jr？
3.从大阪机场坐peach航空，7.05-8.30到成田。

成田也是一个市吧？住哪里合适呢，市内还是机场里？
看到有些攻略说机场附近有个很大的购物中心，成田机场免税本身也很便宜。。

谢贤各位帮忙了！