日本线路交通求助。东京-》京都（奈良）-》大阪

一般来说，京都买巴士一日券
日本地图：http://map.yahoo.co.jp/maps?
交通换乘和资费查询：http://www.jorudan.co.jp/
小气少年日本交通和景点攻略：http://nicklee.tw/ （侧重关西）
林氏璧东京交通攻略：http://linshibi.com/
在第二个网站查出每段车资，后面两个网站查出各地有哪些pass，一对比就知道哪个划算了。

乍一看没什么大问题，暂且不需要什么交通券。具体的需要根据楼主在每地的具体行程而定~

1、直接买票。
2、京都到奈良最好是搭乘JR，顺路去伏见稻荷和宇治。

线路没问题
交通券只是方便旅行，旅行不是为了交通券

http://jorudan.co.jp/或http://www.hyperdia.com/自己一段一段计算是自由行的基本功之一呀！不想动脑子的话直接买票。

没啥问题，不需要大氛围交通票券，小范围的票券的话看具体行程再说

东京-京都，京都-大阪，现场单买即可
京都往返奈良，可以买近铁1日券