大阪，京都，奈良交通与住宿问题

我们80后夫妻两人，计划3月28日至4月3日到大阪，京都，奈良旅行，看了一些前辈的攻略，感觉交通和住宿有一些问题特来请教。
主要问题：
1、由于3月28日晚上12点才到关西机场，住宿是个很大的问题，日航酒店也没有房间了，KIX的会员卡要到T2拿好像有一段距离，而且也不能很好的睡觉，如果坐1：45的大巴到梅田找到酒店再睡估计都3点以后了，这样也严重影响第二天的旅行，不知道大家有没有什么好的办法。
2、很多朋友都是在京都住，再走奈良，最后到大阪住，这样没有回头路，但是由于第一天到得太晚，我想先走个行程轻松的，这样可以调节一下，先在大阪玩一天，所以有了在大阪住5天的想法，而且这边住要便宜点，之后每天坐JR或是别的电铁到京都和奈良去，这样就不花很多时间在找酒店的路上，不知道这样是否可行，在交通费用上会增加很多吗？因为我看到马云家有JR普通的5日票，340元人民币。可以到京都，奈良，神户，这样是不是会比较划算？在时间上会不会浪费很多？
3、看到交通的攻略很是头痛，各种卡，各种线。我的初步计划是第一天大阪市内，第二天京都市内景点，第三天京都岚山，第四天上午京都半天，下午奈良半天。第五天神户1天晚上回大阪住。如果有必要可以不去神户，在京都上再加一天。这样的话就是第四天在京都，第五天上午去奈良，下午回到大阪再走走。除了京都的DAY PASS（不知道有没有三天的）是可以确定下来的，其它的交通票不知道怎么安排比较合理？
4、住难波或是梅田，那个地方离主要的景点和逛街近一点，更方便，包括坐近铁或是JR到京都和奈良？
问题有点多，希望得到前辈的帮助，谢谢。