在职证明是公司总部出的，但营业执照是分公司

我们公司总部在北京，我在上海分公司上班。这次拿到的在职证明是北京总部寄过来的，上面的地址电话等信息都是北京的，但是营业执照用的是上海这边的，盖的公章和在职证明的相比，多了“上海分公司”这几个字，请问这样会有问题吗？另外，申根申请表上的公司信息那一栏，我应该写哪一个呢？谢谢！