东京三日地铁卡，西瓜卡，早上很早的飞机

楼主是傍晚才去迪士尼吗？JR东京站从中央线换乘京叶线要走5分钟以上吧。如果是一早去的话，新宿有直达迪士尼的巴士（返程也有），发车时间为：
6:40，7:10，7:40，8:10，8:40，9:10，9:40
详细乘车地点可以参考官网：
http://info.tokyodisneyresort.jp/access/bus/shinjuku.html
新宿站西口有早上5点的巴士，时间和乘车地点请参考以下网站：
http://www.limousinebus.co.jp/platform_searches/index/3/214

一般来说 ，在东京，JR 换JR 一般都是站内换乘，但换地铁就要出站换乘
都营和东京市地铁之间的换乘多半也要出站
当然也有一些特例，比如京急和浅草共线等等

第一个要，第二个不要。但其实东京站站内换乘也不轻松，中央线在地上，京叶线在地下……比较少走的换乘是看好时刻表，坐琦京线直通临海线的车到新木场换京叶线

还有，我看到地图指示，从新宿去迪士尼，要坐京铁转JR，中间要出站换乘吗？没看懂…哭！