从清迈到香港，在香港停留三天之后飞回北京，

别折腾了，万一你澳门回香港的时候人家问你要香港签注呢？在哪转就老实呆在一个地方就好了啊。

有澳门的L签才可以去。

香港过境建议看看http://www.usihai.com/question/848509.html
香港转机建议看看http://www.hongkongairport.com/gb/passenger/transfer-transit/all/transit_procedures.html

1、需要澳门签注。