罗马飞上海，荷兰转机，共享代码行李托运及退

我在南航官网订了罗马回上海的机票，中间有2次转机，一次是罗马到荷兰阿姆斯特丹（南航和荷兰KLM共享代码，实际承运是KLM），后面阿姆斯特丹—北京—上海都是南航承运，电话南航客服说虽然是联程机票，但由于第一段实际是KLM承运，所以在罗马办理登记时只能出一张登机牌、行李也只能托运到荷兰，到了荷兰要入关取行李再重新办出关。请问像我这种情况在托运行李和手提行李的退税是不是都只能在阿姆斯特丹办理了？那如果由于退税排队造成后面的航班延误而改签，这种改签手续费是不是只能我自己承担了？