北海道JR和巴士问题

看北海道交通看的一头雾水，选择太多，越看越混淆，请大神指点。

我的详细行程如下：
1月13日抵达新千岁机场 - 准备做resort liner bus直达富良野新王子酒店
1月16日从酒店前往JR富良野站，前往旭川，参观完动物园后再搭乘JR前往札幌
1月17日札幌-小樽往返一日游
1月18日札幌-新千岁机场
问题如下：
1）按照以上行程，我是否购买一张JR3日周游券就可以涵盖16-18日所有的JR出行？我这个行程是否适合这个3日券？购买3日券是否比我单独购买每段行程的票优惠（因为感觉也没有坐很多次车，不知道3日券到底优惠多少）
2）不知道从JR旭川前往动物园所坐的巴士是否涵盖JR3日周游券套票里？不涵盖的话那单程多少钱一人？
3）看到JR有什么所谓的普通列车，特急列车，还有什么指定席。不知道3日套票到底能乘坐什么车? 感觉很混淆啊。本以为是到了车站就坐最快出发的一班车前往目的地即可。有没有哪一段是一定要做指定席的？