请问退税能选择最后转机的城市吗？

楼主太可爱了，还灵机一动，哈哈，关于转机退税，都有清楚的流程的，如果你是联程机票，行李在布拉格托运后直挂回国的话，你在布拉格托运行李时，里面有需要退税的商品你就要告诉柜台，他们会让你去找海关盖章，然后行李从海关那里托运走，到了慕尼黑机场，你如果手提行李里也有需要退税的，就直接找海关盖章，最后拿着两次盖章的退税单找退税点退钱。如果你不是联程机票，行李布拉格到慕尼黑后，你要拿出来，再托运的话，那么流程也是一样的，行李箱从海关那里走

回程PRG-MUC-国内联程机票的话，行李直挂。
托运行李内的退税物品的退税单在PRG非禁区海关盖章，你在MUC出境申根。手提行李内退税物品的退税单在MUC海关盖章。所有盖过章的退税单在MUC非申根国际禁区内退税点拿钱或者投入专用邮箱退税至信用卡。
部分奢侈品如LV包包和瑞士高价值手表等只能放在手提行李内，超过一定数额的退税款只能退税至信用卡。
http://www.globalblue.cn/customer-services/tax-free-shopping/refund-points/czechrepublic/prague-terminal-12/
http://www.globalblue.cn/customer-services/tax-free-shopping/refund-points/czechrepublic/prague-terminal-21/
http://www.globalblue.cn/customer-services/tax-free-shopping/refund-points/germany/munich-terminal-11/
http://www.globalblue.cn/customer-services/tax-free-shopping/refund-points/germany/munich-terminal-2/

手提行李在慕尼黑盖章，托运也要在慕尼黑的话原则就要托运到慕尼黑，然后再值次机。不过这么折腾只是为了让海关能审查。

可以在慕尼黑机场的海关盖章，海关有可能当场查验退税物品，你放托运行李中的就盖不了章了，如果不查验就没事儿。