从澳门-吉隆坡再到新加坡，不是同一家航空公司

澳门过境建议看看http://www.fsm.gov.mo/psp/cht/psp_top5_2_1.html
用“马国TWOV”搜寻，游四海旅游问答里面有1000多个结果。马国TWOV建议看看http://www.usihai.com/thread-581025-1.html将其中的LCCT改为KLIA2或原来就有的KLIA。

大马过境签对离境机票要求高, 最好是亚航马航, 因为其他航司不受大马政府监管. 对入境机票没听说啥限制.

楼主怎么样 ，顺利办理过境签了吗？ 对航空公司有限制吗？

和航空公司没有关系。这点放心吧。