行李箱内物品遗失了怎么办？

大家好，在下板牙长居人类一枚。有问题想要询问一下：
事情是这样的，我爸从福州经香港经瑞士最后到西班牙。在抵达西班牙时发现行李箱丢失了一件，但不知在哪个地方丢失的最后经过十五天的时间机场才找到了我爸的行李箱。可当我们收到行李箱时，箱内几乎所有的东西都丢了。虽然最后一班是柏林航空但因为我这里并没有柏林航空的办公司，只有与其有合作的Iberia公司。Iberia的工作人员给我们打了一份纸张说明着旅客的行李箱有物品丢失，并叫我们到警局备案后子再通过email的方式与柏林航空投诉。
行李箱丢失的物品总和差不多有七，八百欧。里面有很多有用的u盘和SD记忆卡，一些我爸要用的刮痧器材还有的医院体检的重要报告（这个是用来给老外医生看的）...但是里面也有违禁的肉制品及豆类。
我最后在行李箱内找到了一张纸说是因为要知道是谁的行李箱瑞士那把行李箱给打开了，并把那些东西都扣押了，文件内说道如果收到行李箱后两个星期没有跟他们联系他们会把所扣押的东西销毁。
如果要申请赔偿的话是不是要因为携带违禁的肉类而被罚款呢？要罚很多吗？
除了食物其他东西都是很重要的。
我想请教各位在这种情况下我要投诉他们并申请赔偿吗？
拜托了各位