想有南北纵贯的日本全境游15天，在哪里入境比较

提问者学生党，准备在今年1月17号左右到春节前来一次日本全境初体验。准备最北到北海道札幌、小樽然后是东京周边和富士山以及关西的京都、名古屋、大阪。所以问题来了：
1）因为经费有限，是先飞到东京（因为到东京的机票折扣比较高）在东京游玩，然后一路北上富士山到函馆再JR登别、札幌、小樽最后从千岁直接飞名古屋玩关西，从名古屋或大阪回比较便宜？
还是从国内飞到千岁游玩北海道，再从函馆飞东京，东京坐火车到京都比较方便 便宜？
2）行程这么复杂，签证时全程的机票都要定好吗？如果情况有变怎么办？
3）中途可能有沙发或者airbnb那宾馆的行程单怎么办？


谢谢大神！