北九州5晚6日自由行。。。

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1、行程整个是可以的。
2、阿苏附近如果要安排温泉地，一般是巴士去黑川，去由布院太远了。我觉得COTAKU的建议很好，可以参考。整个行程翻转过来，先去由布院、别府，然后阿苏、熊本。
3、你至少有4天需要JR，当然是买5日券。

阿苏没有铁道直达由布院，由布院每天也只有1班车直达别府。这两段要转车，或者看看高速巴士，别府到由布院挺多的……话说回来你到由布院应该也挺晚了，第二天一早就去别府，图什么呢……