持护照能否从台湾经香港转机回大陆

本人最近要从台湾回大陆，已经定了国泰航空 经香港转机回上海的联程机票，由于通行证被拿去办理业务（目前身上只有港澳通行证和护照），请问持护照能否回大陆，还有航空公司会不会给我办理登机。