通行证的签注和入台证是需要一定匹配吗？

我受邀去台湾参加电影节，那边会发入台证过来，但因为台办批复时间太长，怕耽误行程，所以以防万一，我同时办理了自由行的入台g签。目前我就不清楚海关会不会为难说我有两种签注。谢谢。