夜行巴士到京都早上5点多，请问京都车站哪里可

可参考下面的京都站内各cafee和餐饮店营业时间的链接（最早的是6：30营业）
http://www.kyoto-station-building.co.jp/search/search.cgi

建议去网吧。。。我觉得哪个还满适合消磨一些时间的。

http://cn.japan-guide.com/travel/kansai/kyoto/kyoto_tower
http://www.kyoto-tower.co.jp/kyototower/floor/spa.html