从东京有直达北海道的夜行列车吗

COTAKU的回答很准确，现在运行的是仙后座号。
这个列车是JR东日本和JR北海道联合运营的豪华列车，是从上野站发出，开往札幌的。最近三个月的列车运行表见下图：

具体的运行时刻表：

价格请参考：

参考网址：http://www.jreast.co.jp/cassiopeia/time/

应该是有的，不过耗时又贵，不过如果楼主喜欢沿途观赏风景那就另当别论了~~
请参见以下地址（虽然是日文，但大体应该可以看懂的~）
http://rh-guide.com/other/tokyo_hokkaido.html

现在还在运行的只有仙后座号，铁轨上的豪华邮轮。普通舱单程大约2-3万日元吧，双人舱，和邮轮一样，单人用的话双份钱。

北斗星早停运了，目前没有卧铺车

有的，北斗星号

飞！

谢谢各位