没有港澳通行证，从深圳过关至香港转机飞台湾

可以，凭入台证，你可以在香港停留七天，你只需要提供前往第三国的机票就好，这里是香港移民署官方的链接，给你参考。http://www.immd.gov.hk/hks/services/visas/overseas-chinese-entry-arrangement.html#a

使用台湾通行证离开大陆，使用护照进入和离开香港，使用台湾通行证和入台证进入和离开台湾，再使用护照回到和离开香港，最后使用台湾通行证回到大陆。

HK出境去第三国，不用港澳通行证。用你大通证就可以了。记得把离开HK的机票打印出来。

香港过境建议看看http://www.usihai.com/question/848509.html
香港转机建议看看http://www.hongkongairport.com/gb/passenger/transfer-transit/all/transit_procedures.html