多程机票能否办理日本过境签？

求助！
我要去美国旅游（B2签证），然后在携程查到从香港到LA的机票很便宜，会在日本转机。有的在东京赚有的在大阪转，少则两个小时多的话有23个小时。
然后我发现携程可以买多程票，可以选香港-日本，日本-美国这样子，在日本进出都必须是一个城市，价格也不贵，中间能自己设定几天的空隙，有时候两程还是一家航空公司的。（比如9月28日香港飞东京，然后10月2日东京飞LA）。
我询问了日本领事馆指定的签证代理机构，其中一家说转机停留不可以超过24小时，不然领事馆不给过境签。而且即使办下来过境签，写着15天，但是在海关入境的时候会盖上一个章子标注只准停留一天。要是超过1天就算非法滞留。
但是另一家说可以停2-3天。这两家要求的材料、申请流程和费用都是一模一样的，就是停留时间不一样。不知道哪一个才是对的。
如果停留1天肯定就是联程机票，如果要停留2-3天，没有这样的联程机票，肯定要买多程的。但是我不知道多程机票跟联程机票到底差别在哪里。不知道多程的日本会不会给过境签？
PS：我说的过境签是提前办理的那种transit visa，不是shorepass。
PPS：本人英国大学在读学生，以前也有过申根签。


多谢！！！