上海去香港，然后再去日本，可以从日本回上海

上海-香港-深圳-香港-日本-上海，你凭港澳通行证进入香港后去深圳

再次进入香港时出示你的护照+香港飞日本的机票

如果是上海-香港-日本联程机票，用护照过境香港就可以了啊，不需要港澳通行证

第一次用港澳通行证，第二次入香港用护照

另外，我其实是：上海-香港-深圳-香港-日本-上海

香港过境建议看看http://www.usihai.com/question/848509.html