办理了申根一家三口的签证，现在爸爸因为单位

如果签证已经出来了入境的话从法律角度上来讲是没问题的。
如果怕海关刁难的话最好写一个伴侣同意另外一方带孩子旅游的同意书、上面说明情况并公证（这个是签证时若只有一方带未成年子女旅游时的必要文件），认证是不必的。

带上不出行父母亲笔签名的中英文同意信公证书。