东京到京都交通问题，

大家好！我还在计划行程中，大概想玩的几个地方：东京、镰仓、轻井泽、京都（机票已订从关西机场回国）。但目前尚处于对地图、交通摸不清的状况中。。。其实，东京和大阪、京都我以前公干都去过，这次就是想从东京出发，坐火车到京都，一路走走停停看看这样的。。想请问这样的路线安排合理吗？途中有什么其他城市值得看看？
在Hyperdia这个网站上查路线，查出来要坐“新干线**线这样的”但前面没有标明JR，请用怎样知道它是不是属于JR的呢？JR PASS是否可以一路通行？
如果太复杂，那么直接从东京到京都，不想坐飞机，应该怎样选择交通工具呢？
急需高人指点！多谢大家！ ~