东京，富士山，箱根，京都

东京出发建议先箱根、再富士山，这样比较顺利一些。新宿单程到小田原，然后购买从小田原始发的箱根3日券，箱根2晚住宿后，第3天继续使用箱根3日券坐巴士去御殿场，然后转路线巴士去河口湖，游览完河口湖之后从河口湖坐长途巴士到JR三岛，然后新干线到京都。
从小田原购买箱根3日券最为便利。
箱根最佳的旅馆群几乎都在强罗附近，交通也比较方便，另外像汤本和芦之湖也是住宿选择比较多的地方。看富士山的话河口湖住宿选择要多一些。

我的行程与你相反,我从京都做火车到小田原,换登山小火车去箱根,从箱根做巴士去御殿场,从御殿场做巴士去富士山五合目,坐巴士下山后坐火车去东京.
去箱根买一日券,其他都是买单程票.

http://jorudan.co.jp/自己一段一段计算是自由行的基本功之一呀！