现在在美国留学，想在今年暑假申请去日本。请

我现在在美国大学留学，我有有效的I20和F1签证以及护照。我的计划是在5月中放暑假开始到9月这段时间去日本探访朋友顺便旅游为目的。而且我们大学在日本东京有个分校区，我有考虑申请transfer去日本分校区继续我大学的学业，所以我考虑如果我成功申请到transfer，就在5月放假时去日本游玩三个月然后直接等开学。我浏览了一遍驻美日本大使馆签证要求，我的问题是如果我申请签证，到底是先等学校的transfer通知然后学校来签了九月的留学visa（事实上我都不知道学校会不会代理签证），然后我自己主动申请5月到9月的签证，还是干脆等通知下来直接自己申请从5月到明年留学的签证？
如果我最后暑假和留学的签证有效期是分开的。。比如5月到8月中和9月开学，中间有半个月不在有效期。。我能滞留在那等开学么？