去日本旅行，购买火车票问题。

想请教一个问题，去日本自由行。到各地的火车票是在网上预订还是直接到车站购买？比如：东京到富士山，富士山到名古屋，名古屋到奈良，奈良到神户，神户到大阪，大阪到京都，等等。麻烦去过日本的朋友给介绍一下具体的购票和乘车方法。谢谢！