第一次去日本自由行，但对日本交通的问题不是

本人预订2月出游日本，为期15天，一家三口（女儿三岁）。目前行程基本落实，大阪进高松出。但对日本交通的问题不是很搞得清楚，望各位高人予以指点！
行程如下：
2.26 上海—大阪 20：20—23：35，春秋航空
2.27 大阪
2.28 大阪（使用大阪周游卡2日券）
2.28 大阪—京都 （怎么坐车呢，请赐教）
3.1 京都
3.2 京都
3.3 京都—奈良—京都 （奈良一日游再回京都住）
3.4 京都—箱根 （怎么坐车呢，请赐教）
3.5 箱根
3.6 箱根
3.7 箱根—东京（怎么坐车呢，请赐教）
3.8 东京
3.9 东京
3.10 东京—富士山 （怎么去，怎么玩，有高人指点吗？）
3.11 富士山
3.12 富士山——高松 （怎么坐车呢，请赐教）
3.13 高松—上海 12：40起飞，春秋航空
各位大侠，行程比较多，最搞不清楚的就是交通问题。特别是富士山如果去高松，京都如何去箱根，箱根如何去东京等，在每个城市中是不是都有类似于大阪周游券的优惠卡之类的。
请各位大侠赐教！