法签德国转机及退税疑虑~

正在准备6月底意瑞法自由行，好多问题哦，还请各位不吝赐教~
我和老公申请了法签，买的是汉莎的机票，去程上海至罗马（慕尼黑转机），回程巴黎至上海（法兰克福转机），那是不是分别就从慕尼黑和法拉克福入境和出境了？那护照上的章和法国压根没关系咯？。。。
因为最终行程还没定，在德国转机出入境的时候会查你的主要目的国到底是不是法国吗？
另外，按照最后一个国家退税的原则，我从巴黎转机回上海到底应该在巴黎戴高乐机场还是法兰克福机场办理退税呢？