申根国出境问题

从雅典回中国，在慕尼黑转机，汉莎航空的飞机，在雅典check in的时候是给两张登机牌吗？
如果是给两张登机牌，因为德国也是申根国，那么我在雅典出境验护照的时候对方怎么知道我是要出申根国了而不是还去德国呢？就算我两张登机牌一起给出境检查的人看，因为我转机等待有7个多小时，他怎么确定我是直接回国了而不是转机时候再去慕尼黑机场外逛一圈呢？
其实我就是想问从雅典出申根国的时候不是要敲离境章么，可是我的登机牌是到德国然后再到中国的他怎么给我敲？