关于香港-北京-首尔的航班使用证件问题

学生党时间比较充裕，而且想省钱，于是订了香港-北京-首尔的国航航班
现在遇到一个问题想请教下大家
我从深圳去香港机场，我应该是用港澳通行证入香港，还是应该用护照直接入香港呢？
因为刚刚看到一篇也是深圳人的游记，他在深圳去香港用的是护照，等他到上海中转的时候，出入境的人问他为什么不是使用港澳通行证从香港来上海
我的回程是首尔-北京-香港，知道从北京去香港是要港澳通行证的
望各位帮助，谢谢！